Mardiyyah/BioHackathon_25_IOB_V1 · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 1 168	tags listlengths 1 168
[ "Fifty", "microliter", "aliquots", "of", "lavage", "fluids", "were", "subjected", "to", "centrifugation", "(", "5", "minutes", "at", "320", "g", ")", "(", "Zytozentrifuge", "Shandon", "Cytospin", "4", ",", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", ",", "and", "...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-As...
[ "Animals", "were", "anesthetized", "and", "lungs", "were", "fixed", "by", "perfusion", "through", "the", "right", "ventricle", "with", "HEPES", "buffer", "(", "pH", "7.35", ")", "containing", "1.5", "%", "glutaraldehyde", "and", "1.5", "%", "formaldehyde", ","...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "storage", "of", "the", "lungs", "in", "the", "same", "solution", "overnight", ",", "3", "mm", "sized", "pieces", "of", "lung", "tissue", "were", "postfixed", "first", "in", "1", "%", "osmium", "tetroxide", "for", "2", "hours", "and", "then", "i...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Samples", "were", "dehydrated", "in", "acetone", "and", "embedded", "in", "Epon", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Ultrathin", "sections", "of", "60", "nm", "were", "poststained", "with", "aqueous", "uranyl", "acetate", "and", "lead", "citrate", "and", "imaged", "in", "a", "Morgagni", "TEM", "(", "FEI", ",", "Eindhoven", ",", "NL", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Lungs", "were", "dissected", "from", "mice", ",", "and", "the", "left", "lung", "lobe", "was", "snap-frozen", "in", "liquid", "nitrogen", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "other", "lobes", "were", "fixed", "ex-situ", "with", "4", "%", "(", "wt/vol", ")", "formaldehyde", "via", "the", "trachea", "under", "constant", "pressure", ",", "removed", "and", "stored", "in", "4", "%", "formaldehyde", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Volume", "of", "these", "lobes", "was", "determined", "based", "on", "Archimedes", "’", "principle", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "In", "brief", ",", "the", "remaining", "lung", "lobes", "were", "placed", "in", "a", "water-filled", "container", "set", "on", "electronic", "scales", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "weight", "of", "water", "displaced", "by", "the", "submerged", "lung", "equals", "the", "volume", "of", "the", "lung", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "Then", "lung", "tissues", "were", "embedded", "in", "paraffin", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "analysis", "of", "lung", "inflammation", ",", "2", "μm", "sections", "were", "stained", "with", "periodic", "acid-Schiff", "(", "PAS", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Photomicrographs", "were", "recorded", "by", "a", "digital", "camera", "(", "DP-25", ",", "Olympus", ",", "Tokyo", ",", "Japan", ")", "attached", "to", "a", "microscope", "(", "BX-51", ",", "Olympus", ")", "with", "a", "20-fold", "magnification", "objective...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mucus", "quantification", "was", "performed", "as", "previously", "described", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Apoptotic", "cells", "were", "stained", "using", "ApopTag", "Peroxidase", "In", "Situ", "Apoptosis", "Detection", "Kit", "(", "Merck", "Millipore", ",", "MA", ",", "USA", ")", "according", "to", "manufacturer", "’s", "instructions", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "4", "%", "Formaldehyde-fixed", "lungs", "were", "incubated", "in", "cryoprotectant", "solution", "(", "30", "%", "w/v", "sucrose", "in", "0.1", "M", "phosphate", "buffer", ",", "pH", "7.4", ")", "over", "night", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "35", "μm", "thin", "sections", "were", "cut", "with", "a", "Leica", "9000s", "sliding", "microtome", "(", "Leica", ",", "Wetzlar", ",", "Germany", ")", "and", "collected", "in", "cold", "0.1", "M", "phosphate", "buffer", "(", "PB", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Free", "floating", "sections", "were", "stained", "by", "blocking", "in", "blocking", "solution", "(", "0.5", "%", "Triton-X", "100", ",", "4", "%", "normal", "goat", "serum", "in", "0.1", "M", "PB", "pH", "7.4", ")", "for", "1", "hour", "at", "room",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Subsequently", ",", "sections", "were", "incubated", "in", "blocking", "solution", "containing", "the", "primary", "antibody", "at", "4", "°", "C", "over", "night", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "washing", "three", "times", "with", "wash", "solution", "(", "0.1", "M", "PB", "pH", "7.4", "containing", "0.25", "%", "Triton-X", "100", ")", ",", "sections", "were", "incubated", "for", "2", "hours", "in", "secondary", "antibody", "in", "soluti...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "Cells", "were", "imaged", "using", "a", "Zeiss", "confocal", "microscope", "equipoped", "with", "a", "63x", "objective", "(", "Zeiss", "LSM980", "AiryScan", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Deep", "frozen", "lungs", "were", "homogenized", "with", "mortar", "and", "pestle", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "An", "aliquot", "of", "30", "mg", "of", "lung", "powder", "was", "transferred", "into", "RLT", "buffer", "(", "Qiagen", ")", ",", "and", "RNA", "was", "isolated", "with", "RNeasy", "Mini", "Kit", "(", "Qiagen", ")", "according", "to", "the", "manufactur...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", "μg", "of", "RNA", "was", "used", "for", "cDNA", "synthesis", "(", "First", "Strand", "cDNA", "Synthesis", "Kit", ",", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Another", "30", "mg", "aliquot", "of", "lung", "powder", "was", "transferred", "into", "radioimmunoprecipitation", "assay", "buffer", "(", "RIPA", ")", "buffer", ",", "and", "proteins", "were", "isolated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O" ]
[ "Protein", "concentration", "was", "determined", "by", "bicinchoninic", "acid", "(", "BCA", ")", "assay", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "." ]	[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Western", "analysis", "was", "performed", "on", "lung", "tissue", "homogenates", "from", "wildtype", "and", "LAMP3-deficient", "mice", "." ]	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]
[ "Protein", "content", "was", "measured", "by", "the", "BCA", "assay", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "." ]	[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Defined", "amounts", "of", "protein", "were", "separated", "on", "SDS-PAGE", "and", "transferred", "to", "nitrocellulose", "membrane", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Membranes", "were", "incubated", "with", "anti-pro-SP-C", "(", "rabbit", "monoclonal", ",", "1:1000", ",", "Abcam", ",", "Cambridge", ",", "UK", ")", ",", "anti-pro-SP-B", "(", "rabbit", "polyclonal", ",", "1:2000", ",", "Seven", "Hills", "Bioreagents", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "O", "B-Orga...
[ "Donkey", "anti-rabbit", "IgG", "HRP", "(", "1:2000", ",", "Santa", "Cruz", ")", "and", "donkey", "anti-mouse", "IgG", "HRP", "(", "1:2000", ",", "Cell", "Signaling", ")", "served", "as", "secondary", "antibodies", "Immunoreactive", "proteins", "were", "visual...	[ "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "B-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Quantitative", "RT-PCR", "was", "performed", "on", "the", "Roche", "LightCycler", "480", "Instrument", "II", "system", "using", "the", "LightCycler", "480", "SYBR", "Green", "I", "Master", "(", "Roche", "Applied", "Science", ",", "Mannheim", ",", "Germany", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Template", "cDNA", "was", "diluted", "1:10", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "RT-PCR", "was", "performed", "in", "triplicate", "in", "a", "total", "volume", "of", "10", "μl", "according", "to", "the", "manufacturer", "’s", "instruction", "with", "a", "final", "primer", "concentration", "of", "0.5", "μM.", "Cycling", "conditions", "were...	[ "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "The", "following", "primer", "sequences", "for", "reference", "gene", "RPL32", "were", "used", ":", "forward", "5‘-AAAATTAAGCGAAACTGGCG-3", "’", ",", "reverse", "5‘-ATTGTGGACCAGGAACTTGC-3", "’", "(", "NM_172086.2,156", "bp", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "QuantiTect", "Primer", "Assays", "from", "Qiagen", "(", "Venlo", ",", "The", "Netherlands", ")", "were", "used", "for", "Lamp3", "(", "QT00157031", ",", "NM_177356", ",", "105", "bp", ")", ",", "Sftpb", "(", "QT00124908", ",", "NM_011359", ",", "125", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "Negative", "controls", "(", "reverse", "transcriptase/RNA", "template", ")", "were", "included", "to", "detect", "possible", "contaminations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Amplification", "specificity", "was", "checked", "using", "the", "melting", "curve", "and", "agarose", "gel", "(", "2", "%", ")", "electrophoreses", "with", "a", "Gene", "Ruler", "50bp", "DNA", "ladder", "(", "Thermo", "Scientific", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Specific", "mRNA", "levels", "were", "normalized", "to", "the", "level", "of", "the", "reference", "gene", "Rpl32", "in", "the", "same", "sample", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Data", "were", "analyzed", "employing", "the", "‘", "advanced", "relative", "quantification", "’", "and", "‘", "standard", "curve", "method", "’", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O" ]
[ "A", "calibrator", "cDNA", "was", "included", "in", "each", "run", "to", "correct", "for", "run-to-run", "differences", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "solvents", ",", "reagents", ",", "and", "lipid", "standards", "were", "used", "in", "the", "highest", "available", "purity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Internal", "standards", "were", "acquired", "from", "Avanti", "Polar", "Lipids", "(", "Avanti", "Polar", "Lipids", ",", "Alabama", ",", "USA", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Storage", "solution", "was", "created", "by", "combining", "chloroform", ",", "methanol", ",", "and", "water", "(", "20/10/1.5", ";", "v/v/v", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ESI", "spray", "mixture", "was", "created", "by", "combining", "chloroform", ",", "methanol", "with", "added", "0.1", "%", "(", "wt/v", ")", "ammonia", "acetate", "and", "2-propanol", "(", "1:2:4", ";", "v/v/v", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "customized", "methyl-tert-butyl", "ether", "(MTBE)-based", "lipid", "extraction", "method", "was", "applied", "for", "BAL", "and", "lung", "tissue", "homogenates", "." ]	[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "Details", "can", "be", "found", "in", "the", "S1", "Text", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Lipid", "extracts", "were", "stored", "in", "a", "storage", "solution", "at", "-20", "°", "C", "until", "further", "usage", "." ]	[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cholesterol", "determination", "was", "performed", "as", "described", "earlier", "(", "S1", "Text", ")", "." ]	[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Aliquots", "of", "10", "μL", "of", "the", "lipid", "extract", "and", "cholesterol", "derivatization", "were", "diluted", "in", "190", "μL", "ESI", "spray", "mixture", "for", "each", "measurement", ",", "vigorously", "mixed", ",", "and", "centrifuged", "prior"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
[ "The", "well", "plate", "was", "sealed", "with", "aluminum", "sealing", "foil", "and", "kept", "at", "15", "°", "C", "during", "the", "measurement", "process", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "measurements", "were", "performed", "in", "duplicate", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "mass", "spectrometric", "acquisitions", "were", "performed", "using", "a", "Triversa", "Nanomate", "(", "Advion", ",", "Ithaca", ",", "USA", ")", "as", "an", "autosampler", "and", "nano-ESI", "source", ",", "applying", "a", "spray", "voltage", "of", ...	[ "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "the", "acquisition", "of", "tandem", "mass", "spectrometric", "data", ",", "a", "Q", "Exactive", "Plus", "was", "used", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Bremen", ",", "Germany", ";", "methodological", "details", "are", "found", "in", "the...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "data", "interpretation", ",", "the", "software", "pipeline", "described", "earlier", "was", "utilized", "(", "see", "details", "S1", "Text", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Briefly", ",", "mass", "spectra", "raw", "files", "were", "converted", "to", "mzML", "format", "with", "the", "software", "module", "\"", "msconvert", "\"", "from", "ProteoWizard", "version", "3.0.18212", "-", "6dd99b0f6", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Converted", "files", "were", "then", "imported", "into", "LipidXplorer", "version", "1.2.8.1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "each", "ESI", "mode", ",", "a", "different", "set", "of", "MFQL", "files", "is", "used", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "files", "generated", "in", "LipidXplorer", "were", "used", "in", "lxPostman", "for", "further", "post-processing", ",", "including", "quality", "control", "and", "quantitation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "details", "on", "how", "the", "lipidome", "data", "(", "S1", "Data", ")", "was", "generated", "for", "visualization", "and", "statistical", "analysis", "is", "available", "at", "LIFS", "webportal", "https://lifs-tools.org/publications/99-shotgun-lipidomics-data-...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "Lipid", "values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "standard", "deviation", "and", "significance", "is", "designated", "as", "", ",", "P", "<", "0.05", ";", "", "", ",", "P", "<", "0.01", ";", "", "", "", ",", "P", "<", "0.001", "." ]	[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "easier", "visualization", "of", "significant", "lipid", "results", ",", "lipids", "from", "two-way", "ANOVA", "were", "autoscaled", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O" ]
[ "In", "this", "procedure", ",", "data", "are", "centered", "on", "the", "means", "of", "groups", "and", "then", "divided", "by", "the", "standard", "deviation", ",", "removing", "the", "impact", "of", "differences", "between", "lipid", "abundance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O" ]
[ "Cell", "free", "BAL", "was", "weighed", "(=", "400–800", "μl", ")", "and", "ultra-centrifuged", "(", "J2-MC", ",", "Beckman", "Coulter", ",", "Krefeld", ",", "Germany", ")", "for", "1h", "at", "4", "°", "C", "at", "38,730", "g.", "The", "supernatant", ...	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "pellet", "was", "weighed", "and", "resuspended", "using", "saline", "containing", "1.5", "mmol/L", "CaCL2", "equivalent", "to", "a", "concentration", "of", "1:50", "(", "w/w", ")", "compared", "to", "the", "basic", "BAL", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "Two", "μl", "of", "the", "concentrated", "BAL", "were", "analyzed", "for", "content", "of", "choline-containing", "phospholipids", "(", "DPPC", ",", "lysolecithin", ",", "sphingomyelin", ";", "LabAssay", "Phospholipids", ",", "FUJIFILM", "WAKO", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Then", ",", "samples", "were", "normalized", "to", "final", "phospholipids-", ",", "i.e.", "choline", "containing", "phospholipids-", ",", "concentration", "of", "1.5", "mg/ml", "and", "analyzed", "in", "the", "Pulsating", "Bubble", "Surfactometer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "Pulsating", "Bubble", "Surfactometer", "-sample", "chamber", "was", "prefilled", "using", "degassed", "10", "%", "sucrose", "in", "saline", "plus", "1.5", "mmol/l", "CaCL2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Then", ",", "5", "μl", "of", "each", "normalized", "BAL", "sample", "were", "pipetted", "on", "the", "top", "of", "the", "sucrose", "prefill", "close", "to", "the", "chimney", ",", "where", "it", "remained", "by", "buoyancy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Subsequently", ",", "to", "mounting", "of", "the", "chamber", "in", "the", "Pulsating", "Bubble", "Surfactometer", ",", "an", "air", "bubble", "was", "created", "by", "aspiration", "of", "ambient", "air", "through", "the", "chimney", "and", "phospholipids", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Then", ",", "the", "bubble", "was", "cyclically", "expanded", "and", "compressed", "at", "a", "frequency", "of", "20/min", ",", "a", "compression", "rate", "of", "50", "%", "surface", "area", "and", "at", "37", "°", "C.", "Surface", "tension", "at", "ma...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Statistical", "analyses", "." ]	[ "O", "O", "O" ]
[ "If", "not", "stated", "otherwise", ",", "a", "two-tailed", "unpaired", "t-test", "was", "performed", "using", "GraphPad", "Prism", "Software", "Version", "5.03", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Significant", "values", "were", "considered", "at", "P", "<", "0.05", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", "and", "significance", "is", "designated", "as", "", ",", "P", "<", "0.05", ";", "", "", ",", "P", "<", "0.01", ";", "", "", "", ","...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Single", "datapoints", "for", "plotting", "data", "are", "available", "as", "S2", "Data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "LAMP3", "is", "expressed", "highest", "in", "humans", "and", "mice", "in", "the", "lung", "’s", "AT2", "cells", ",", "where", "it", "localizes", "to", "LBs", "." ]	[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "Notably", ",", "a", "naturally", "occurring", "recessive", "missense", "LAMP3", "variant", "has", "recently", "been", "associated", "with", "a", "fatal", "neonatal", "interstitial", "lung", "disease", "in", "Airedale", "Terrier", "dogs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Organism", "I-Organism", "B-Organism", "O" ]
[ "Therefore", ",", "we", "aimed", "to", "analyze", "the", "function", "of", "LAMP3", "in", "the", "lung", "in", "a", "genetically", "more", "defined", "animal", "model", "and", "generated", "Lamp3", "knockout", "mice", "(", "Lamp3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "O", "O" ]
[ "CRISPR/Cas9", "editing", "of", "the", "Lamp3", "allele", "in", "mice", "with", "guide", "RNAs", "targeting", "exon", "2", "(", "Fig", "1A", "and", "1B", ")", "yielded", "a", "40", "bp", "deletion", "resulting", "in", "an", "early", "Stop-codon", "in", "...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
[ "PCR", "with", "primers", "spanning", "this", "deletion", "was", "used", "for", "genotyping", "(", "Fig", "1D", ")", "." ]	[ "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Reverse", "transcriptase", "PCR", "and", "quantitative", "realtime", "PCR", "with", "total", "lung", "RNA", "as", "a", "template", "with", "primers", "specific", "for", "LAMP3", "revealed", "a", "complete", "absence", "of", "LAMP3", "transcript", ",", "indicati...	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Process", "I-Process", "...
[ "LAMP3", "was", "readily", "detectable", "by", "immunohistochemistry", "on", "lung", "sections", "with", "a", "monoclonal", "antibody", "in", "AT2", "cells", "of", "wildtype", "mice", "but", "was", "completely", "absent", "in", "Lamp3", "mice", ",", "validating"...	[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-T...
[ "We", "hypothesized", "that", "knockout", "of", "Lamp3", "in", "mice", "causes", "abnormal", "surfactant", "homeostasis", "and", "postnatal", "death", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "B-Organism", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O" ]
[ "However", ",", "in", "contrast", "to", "dogs", "with", "a", "LAMP3", "mutation", ",", "homozygous", "Lamp3", "mice", "were", "surprisingly", "born", "according", "to", "the", "expected", "Mendelian", "distribution", "and", "survived", "the", "weaning", "phase",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
[ "No", "premature", "death", "was", "observed", "until", "15", "months-of-age", ",", "indicating", "that", "LAMP3", "is", "not", "essential", "for", "survival", "in", "mice", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Process", "O", "B-Organism", "O" ]
[ "Macroscopically", ",", "Lamp3", "mice", "were", "indistinguishable", "from", "wildtype", "littermates", "with", "no", "obvious", "phenotype", "." ]	[ "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Histology", "and", "analysis", "of", "semi-thin", "sections", "revealed", "normal", "micro-anatomy", "of", "the", "lung", "with", "a", "typical", "distribution", "of", "AT2", "cells", ",", "type", "I", "pneumocytes", ",", "alveolar", "macrophages", ",", "and", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O",...
[ "Macroscopic", "signs", "of", "multifocal", "emphysema", "or", "edema", "(", "as", "previously", "described", "in", "dogs", "with", "a", "mutation", "in", "LAMP3", ",", ")", "were", "absent", "in", "Lamp3", "mice", "(", "Fig", "1J", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "lung", "volume", ",", "normalized", "to", "the", "body", "weight", "in", "3-month-old", "animals", ",", "was", "comparable", "between", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "(", "Fig", "1", "K", ")", ".", "(" ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CRISPR", "guide-RNA", "sequences", "used", "for", "targeted", "editing", "of", "the", "murine", "Lamp3", "allele", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O" ]
[ "The", "Protospacer", "Adjacent", "Motif", "(", "PAM", ")", "is", "underlined", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Schematic", "drawing", "of", "CRISPR/Cas9-mediated", "targeting", "of", "exon", "2", "of", "the", "Lamp3", "locus", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O" ]
[ "Sanger", "sequencing", "chromatogram", "of", "a", "PCR-product", "covering", "the", "targeted", "segment", "with", "genomic", "tail-DNA", "of", "one", "wild", "type", "and", "one", "homozygous", "Lamp3", "mouse", "as", "a", "template", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CRISPR", "target", "site", "one", "is", "underlined", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "frameshift", "resulting", "from", "endogenous", "repair", "mechanisms", "results", "in", "an", "early", "stop", "codon", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Agarose", "gel", "with", "PCR-products", "of", "a", "PCR", "covering", "parts", "of", "exon", "2", "of", "the", "Lamp3", "locus", "used", "for", "genotyping", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O" ]
[ "Representative", "agarose", "gel", "with", "the", "PCR", "products", "of", "reverse", "transcriptase", "reactions", "with", "total", "lung", "RNA", "as", "a", "template", "and", "primers", "specific", "for", "Lamp3", "from", "two", "wildtype", "and", "two", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]
[ "Quantitative", "real-time", "PCR", "of", "total", "RNA", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "LAMP3", "." ]	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Protein", "O" ]
[ "The", "expression", "is", "was", "normalized", "to", "the", "housekeeping", "gene", "RPL32", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O" ]

[ "Fifty", "microliter", "aliquots", "of", "lavage", "fluids", "were", "subjected", "to", "centrifugation", "(", "5", "minutes", "at", "320", "g", ")", "(", "Zytozentrifuge", "Shandon", "Cytospin", "4", ",", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", ",", "and", "...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-As...

[ "Animals", "were", "anesthetized", "and", "lungs", "were", "fixed", "by", "perfusion", "through", "the", "right", "ventricle", "with", "HEPES", "buffer", "(", "pH", "7.35", ")", "containing", "1.5", "%", "glutaraldehyde", "and", "1.5", "%", "formaldehyde", ","...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "storage", "of", "the", "lungs", "in", "the", "same", "solution", "overnight", ",", "3", "mm", "sized", "pieces", "of", "lung", "tissue", "were", "postfixed", "first", "in", "1", "%", "osmium", "tetroxide", "for", "2", "hours", "and", "then", "i...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Samples", "were", "dehydrated", "in", "acetone", "and", "embedded", "in", "Epon", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Ultrathin", "sections", "of", "60", "nm", "were", "poststained", "with", "aqueous", "uranyl", "acetate", "and", "lead", "citrate", "and", "imaged", "in", "a", "Morgagni", "TEM", "(", "FEI", ",", "Eindhoven", ",", "NL", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Lungs", "were", "dissected", "from", "mice", ",", "and", "the", "left", "lung", "lobe", "was", "snap-frozen", "in", "liquid", "nitrogen", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "other", "lobes", "were", "fixed", "ex-situ", "with", "4", "%", "(", "wt/vol", ")", "formaldehyde", "via", "the", "trachea", "under", "constant", "pressure", ",", "removed", "and", "stored", "in", "4", "%", "formaldehyde", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Volume", "of", "these", "lobes", "was", "determined", "based", "on", "Archimedes", "’", "principle", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]

[ "In", "brief", ",", "the", "remaining", "lung", "lobes", "were", "placed", "in", "a", "water-filled", "container", "set", "on", "electronic", "scales", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "weight", "of", "water", "displaced", "by", "the", "submerged", "lung", "equals", "the", "volume", "of", "the", "lung", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "Then", "lung", "tissues", "were", "embedded", "in", "paraffin", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "analysis", "of", "lung", "inflammation", ",", "2", "μm", "sections", "were", "stained", "with", "periodic", "acid-Schiff", "(", "PAS", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Photomicrographs", "were", "recorded", "by", "a", "digital", "camera", "(", "DP-25", ",", "Olympus", ",", "Tokyo", ",", "Japan", ")", "attached", "to", "a", "microscope", "(", "BX-51", ",", "Olympus", ")", "with", "a", "20-fold", "magnification", "objective...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mucus", "quantification", "was", "performed", "as", "previously", "described", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Apoptotic", "cells", "were", "stained", "using", "ApopTag", "Peroxidase", "In", "Situ", "Apoptosis", "Detection", "Kit", "(", "Merck", "Millipore", ",", "MA", ",", "USA", ")", "according", "to", "manufacturer", "’s", "instructions", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "4", "%", "Formaldehyde-fixed", "lungs", "were", "incubated", "in", "cryoprotectant", "solution", "(", "30", "%", "w/v", "sucrose", "in", "0.1", "M", "phosphate", "buffer", ",", "pH", "7.4", ")", "over", "night", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "35", "μm", "thin", "sections", "were", "cut", "with", "a", "Leica", "9000s", "sliding", "microtome", "(", "Leica", ",", "Wetzlar", ",", "Germany", ")", "and", "collected", "in", "cold", "0.1", "M", "phosphate", "buffer", "(", "PB", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Free", "floating", "sections", "were", "stained", "by", "blocking", "in", "blocking", "solution", "(", "0.5", "%", "Triton-X", "100", ",", "4", "%", "normal", "goat", "serum", "in", "0.1", "M", "PB", "pH", "7.4", ")", "for", "1", "hour", "at", "room",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Subsequently", ",", "sections", "were", "incubated", "in", "blocking", "solution", "containing", "the", "primary", "antibody", "at", "4", "°", "C", "over", "night", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "washing", "three", "times", "with", "wash", "solution", "(", "0.1", "M", "PB", "pH", "7.4", "containing", "0.25", "%", "Triton-X", "100", ")", ",", "sections", "were", "incubated", "for", "2", "hours", "in", "secondary", "antibody", "in", "soluti...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "Cells", "were", "imaged", "using", "a", "Zeiss", "confocal", "microscope", "equipoped", "with", "a", "63x", "objective", "(", "Zeiss", "LSM980", "AiryScan", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Deep", "frozen", "lungs", "were", "homogenized", "with", "mortar", "and", "pestle", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "An", "aliquot", "of", "30", "mg", "of", "lung", "powder", "was", "transferred", "into", "RLT", "buffer", "(", "Qiagen", ")", ",", "and", "RNA", "was", "isolated", "with", "RNeasy", "Mini", "Kit", "(", "Qiagen", ")", "according", "to", "the", "manufactur...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1", "μg", "of", "RNA", "was", "used", "for", "cDNA", "synthesis", "(", "First", "Strand", "cDNA", "Synthesis", "Kit", ",", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Another", "30", "mg", "aliquot", "of", "lung", "powder", "was", "transferred", "into", "radioimmunoprecipitation", "assay", "buffer", "(", "RIPA", ")", "buffer", ",", "and", "proteins", "were", "isolated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O" ]

[ "Protein", "concentration", "was", "determined", "by", "bicinchoninic", "acid", "(", "BCA", ")", "assay", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "." ]

[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Western", "analysis", "was", "performed", "on", "lung", "tissue", "homogenates", "from", "wildtype", "and", "LAMP3-deficient", "mice", "." ]

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]

[ "Protein", "content", "was", "measured", "by", "the", "BCA", "assay", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "." ]

[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Defined", "amounts", "of", "protein", "were", "separated", "on", "SDS-PAGE", "and", "transferred", "to", "nitrocellulose", "membrane", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Membranes", "were", "incubated", "with", "anti-pro-SP-C", "(", "rabbit", "monoclonal", ",", "1:1000", ",", "Abcam", ",", "Cambridge", ",", "UK", ")", ",", "anti-pro-SP-B", "(", "rabbit", "polyclonal", ",", "1:2000", ",", "Seven", "Hills", "Bioreagents", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "O", "B-Orga...

[ "Donkey", "anti-rabbit", "IgG", "HRP", "(", "1:2000", ",", "Santa", "Cruz", ")", "and", "donkey", "anti-mouse", "IgG", "HRP", "(", "1:2000", ",", "Cell", "Signaling", ")", "served", "as", "secondary", "antibodies", "Immunoreactive", "proteins", "were", "visual...

[ "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "B-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Quantitative", "RT-PCR", "was", "performed", "on", "the", "Roche", "LightCycler", "480", "Instrument", "II", "system", "using", "the", "LightCycler", "480", "SYBR", "Green", "I", "Master", "(", "Roche", "Applied", "Science", ",", "Mannheim", ",", "Germany", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Template", "cDNA", "was", "diluted", "1:10", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "RT-PCR", "was", "performed", "in", "triplicate", "in", "a", "total", "volume", "of", "10", "μl", "according", "to", "the", "manufacturer", "’s", "instruction", "with", "a", "final", "primer", "concentration", "of", "0.5", "μM.", "Cycling", "conditions", "were...

[ "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "The", "following", "primer", "sequences", "for", "reference", "gene", "RPL32", "were", "used", ":", "forward", "5‘-AAAATTAAGCGAAACTGGCG-3", "’", ",", "reverse", "5‘-ATTGTGGACCAGGAACTTGC-3", "’", "(", "NM_172086.2,156", "bp", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "QuantiTect", "Primer", "Assays", "from", "Qiagen", "(", "Venlo", ",", "The", "Netherlands", ")", "were", "used", "for", "Lamp3", "(", "QT00157031", ",", "NM_177356", ",", "105", "bp", ")", ",", "Sftpb", "(", "QT00124908", ",", "NM_011359", ",", "125", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "Negative", "controls", "(", "reverse", "transcriptase/RNA", "template", ")", "were", "included", "to", "detect", "possible", "contaminations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Amplification", "specificity", "was", "checked", "using", "the", "melting", "curve", "and", "agarose", "gel", "(", "2", "%", ")", "electrophoreses", "with", "a", "Gene", "Ruler", "50bp", "DNA", "ladder", "(", "Thermo", "Scientific", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Specific", "mRNA", "levels", "were", "normalized", "to", "the", "level", "of", "the", "reference", "gene", "Rpl32", "in", "the", "same", "sample", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Data", "were", "analyzed", "employing", "the", "‘", "advanced", "relative", "quantification", "’", "and", "‘", "standard", "curve", "method", "’", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O" ]

[ "A", "calibrator", "cDNA", "was", "included", "in", "each", "run", "to", "correct", "for", "run-to-run", "differences", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "solvents", ",", "reagents", ",", "and", "lipid", "standards", "were", "used", "in", "the", "highest", "available", "purity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Internal", "standards", "were", "acquired", "from", "Avanti", "Polar", "Lipids", "(", "Avanti", "Polar", "Lipids", ",", "Alabama", ",", "USA", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Storage", "solution", "was", "created", "by", "combining", "chloroform", ",", "methanol", ",", "and", "water", "(", "20/10/1.5", ";", "v/v/v", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ESI", "spray", "mixture", "was", "created", "by", "combining", "chloroform", ",", "methanol", "with", "added", "0.1", "%", "(", "wt/v", ")", "ammonia", "acetate", "and", "2-propanol", "(", "1:2:4", ";", "v/v/v", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "customized", "methyl-tert-butyl", "ether", "(MTBE)-based", "lipid", "extraction", "method", "was", "applied", "for", "BAL", "and", "lung", "tissue", "homogenates", "." ]

[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "Details", "can", "be", "found", "in", "the", "S1", "Text", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Lipid", "extracts", "were", "stored", "in", "a", "storage", "solution", "at", "-20", "°", "C", "until", "further", "usage", "." ]

[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cholesterol", "determination", "was", "performed", "as", "described", "earlier", "(", "S1", "Text", ")", "." ]

[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Aliquots", "of", "10", "μL", "of", "the", "lipid", "extract", "and", "cholesterol", "derivatization", "were", "diluted", "in", "190", "μL", "ESI", "spray", "mixture", "for", "each", "measurement", ",", "vigorously", "mixed", ",", "and", "centrifuged", "prior"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

[ "The", "well", "plate", "was", "sealed", "with", "aluminum", "sealing", "foil", "and", "kept", "at", "15", "°", "C", "during", "the", "measurement", "process", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "measurements", "were", "performed", "in", "duplicate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "mass", "spectrometric", "acquisitions", "were", "performed", "using", "a", "Triversa", "Nanomate", "(", "Advion", ",", "Ithaca", ",", "USA", ")", "as", "an", "autosampler", "and", "nano-ESI", "source", ",", "applying", "a", "spray", "voltage", "of", ...

[ "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "the", "acquisition", "of", "tandem", "mass", "spectrometric", "data", ",", "a", "Q", "Exactive", "Plus", "was", "used", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Bremen", ",", "Germany", ";", "methodological", "details", "are", "found", "in", "the...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "data", "interpretation", ",", "the", "software", "pipeline", "described", "earlier", "was", "utilized", "(", "see", "details", "S1", "Text", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Briefly", ",", "mass", "spectra", "raw", "files", "were", "converted", "to", "mzML", "format", "with", "the", "software", "module", "\"", "msconvert", "\"", "from", "ProteoWizard", "version", "3.0.18212", "-", "6dd99b0f6", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Converted", "files", "were", "then", "imported", "into", "LipidXplorer", "version", "1.2.8.1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "each", "ESI", "mode", ",", "a", "different", "set", "of", "MFQL", "files", "is", "used", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "files", "generated", "in", "LipidXplorer", "were", "used", "in", "lxPostman", "for", "further", "post-processing", ",", "including", "quality", "control", "and", "quantitation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "details", "on", "how", "the", "lipidome", "data", "(", "S1", "Data", ")", "was", "generated", "for", "visualization", "and", "statistical", "analysis", "is", "available", "at", "LIFS", "webportal", "https://lifs-tools.org/publications/99-shotgun-lipidomics-data-...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "Lipid", "values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "standard", "deviation", "and", "significance", "is", "designated", "as", "*", ",", "P", "<", "0.05", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "0.01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0.001", "." ]

[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "easier", "visualization", "of", "significant", "lipid", "results", ",", "lipids", "from", "two-way", "ANOVA", "were", "autoscaled", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "procedure", ",", "data", "are", "centered", "on", "the", "means", "of", "groups", "and", "then", "divided", "by", "the", "standard", "deviation", ",", "removing", "the", "impact", "of", "differences", "between", "lipid", "abundance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O" ]

[ "Cell", "free", "BAL", "was", "weighed", "(=", "400–800", "μl", ")", "and", "ultra-centrifuged", "(", "J2-MC", ",", "Beckman", "Coulter", ",", "Krefeld", ",", "Germany", ")", "for", "1h", "at", "4", "°", "C", "at", "38,730", "g.", "The", "supernatant", ...

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "pellet", "was", "weighed", "and", "resuspended", "using", "saline", "containing", "1.5", "mmol/L", "CaCL2", "equivalent", "to", "a", "concentration", "of", "1:50", "(", "w/w", ")", "compared", "to", "the", "basic", "BAL", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "Two", "μl", "of", "the", "concentrated", "BAL", "were", "analyzed", "for", "content", "of", "choline-containing", "phospholipids", "(", "DPPC", ",", "lysolecithin", ",", "sphingomyelin", ";", "LabAssay", "Phospholipids", ",", "FUJIFILM", "WAKO", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Then", ",", "samples", "were", "normalized", "to", "final", "phospholipids-", ",", "i.e.", "choline", "containing", "phospholipids-", ",", "concentration", "of", "1.5", "mg/ml", "and", "analyzed", "in", "the", "Pulsating", "Bubble", "Surfactometer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "Pulsating", "Bubble", "Surfactometer", "-sample", "chamber", "was", "prefilled", "using", "degassed", "10", "%", "sucrose", "in", "saline", "plus", "1.5", "mmol/l", "CaCL2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Then", ",", "5", "μl", "of", "each", "normalized", "BAL", "sample", "were", "pipetted", "on", "the", "top", "of", "the", "sucrose", "prefill", "close", "to", "the", "chimney", ",", "where", "it", "remained", "by", "buoyancy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Subsequently", ",", "to", "mounting", "of", "the", "chamber", "in", "the", "Pulsating", "Bubble", "Surfactometer", ",", "an", "air", "bubble", "was", "created", "by", "aspiration", "of", "ambient", "air", "through", "the", "chimney", "and", "phospholipids", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Then", ",", "the", "bubble", "was", "cyclically", "expanded", "and", "compressed", "at", "a", "frequency", "of", "20/min", ",", "a", "compression", "rate", "of", "50", "%", "surface", "area", "and", "at", "37", "°", "C.", "Surface", "tension", "at", "ma...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Statistical", "analyses", "." ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "If", "not", "stated", "otherwise", ",", "a", "two-tailed", "unpaired", "t-test", "was", "performed", "using", "GraphPad", "Prism", "Software", "Version", "5.03", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Significant", "values", "were", "considered", "at", "P", "<", "0.05", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", "and", "significance", "is", "designated", "as", "*", ",", "P", "<", "0.05", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "0.01", ";", "*", "*", "*", ","...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Single", "datapoints", "for", "plotting", "data", "are", "available", "as", "S2", "Data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "LAMP3", "is", "expressed", "highest", "in", "humans", "and", "mice", "in", "the", "lung", "’s", "AT2", "cells", ",", "where", "it", "localizes", "to", "LBs", "." ]

[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "Notably", ",", "a", "naturally", "occurring", "recessive", "missense", "LAMP3", "variant", "has", "recently", "been", "associated", "with", "a", "fatal", "neonatal", "interstitial", "lung", "disease", "in", "Airedale", "Terrier", "dogs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Organism", "I-Organism", "B-Organism", "O" ]

[ "Therefore", ",", "we", "aimed", "to", "analyze", "the", "function", "of", "LAMP3", "in", "the", "lung", "in", "a", "genetically", "more", "defined", "animal", "model", "and", "generated", "Lamp3", "knockout", "mice", "(", "Lamp3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "O", "O" ]

[ "CRISPR/Cas9", "editing", "of", "the", "Lamp3", "allele", "in", "mice", "with", "guide", "RNAs", "targeting", "exon", "2", "(", "Fig", "1A", "and", "1B", ")", "yielded", "a", "40", "bp", "deletion", "resulting", "in", "an", "early", "Stop-codon", "in", "...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

[ "PCR", "with", "primers", "spanning", "this", "deletion", "was", "used", "for", "genotyping", "(", "Fig", "1D", ")", "." ]

[ "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Reverse", "transcriptase", "PCR", "and", "quantitative", "realtime", "PCR", "with", "total", "lung", "RNA", "as", "a", "template", "with", "primers", "specific", "for", "LAMP3", "revealed", "a", "complete", "absence", "of", "LAMP3", "transcript", ",", "indicati...

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Process", "I-Process", "...

[ "LAMP3", "was", "readily", "detectable", "by", "immunohistochemistry", "on", "lung", "sections", "with", "a", "monoclonal", "antibody", "in", "AT2", "cells", "of", "wildtype", "mice", "but", "was", "completely", "absent", "in", "Lamp3", "mice", ",", "validating"...

[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-T...

[ "We", "hypothesized", "that", "knockout", "of", "Lamp3", "in", "mice", "causes", "abnormal", "surfactant", "homeostasis", "and", "postnatal", "death", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "B-Organism", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O" ]

[ "However", ",", "in", "contrast", "to", "dogs", "with", "a", "LAMP3", "mutation", ",", "homozygous", "Lamp3", "mice", "were", "surprisingly", "born", "according", "to", "the", "expected", "Mendelian", "distribution", "and", "survived", "the", "weaning", "phase",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

[ "No", "premature", "death", "was", "observed", "until", "15", "months-of-age", ",", "indicating", "that", "LAMP3", "is", "not", "essential", "for", "survival", "in", "mice", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Process", "O", "B-Organism", "O" ]

[ "Macroscopically", ",", "Lamp3", "mice", "were", "indistinguishable", "from", "wildtype", "littermates", "with", "no", "obvious", "phenotype", "." ]

[ "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Histology", "and", "analysis", "of", "semi-thin", "sections", "revealed", "normal", "micro-anatomy", "of", "the", "lung", "with", "a", "typical", "distribution", "of", "AT2", "cells", ",", "type", "I", "pneumocytes", ",", "alveolar", "macrophages", ",", "and", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O",...

[ "Macroscopic", "signs", "of", "multifocal", "emphysema", "or", "edema", "(", "as", "previously", "described", "in", "dogs", "with", "a", "mutation", "in", "LAMP3", ",", ")", "were", "absent", "in", "Lamp3", "mice", "(", "Fig", "1J", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "lung", "volume", ",", "normalized", "to", "the", "body", "weight", "in", "3-month-old", "animals", ",", "was", "comparable", "between", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "(", "Fig", "1", "K", ")", ".", "(" ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CRISPR", "guide-RNA", "sequences", "used", "for", "targeted", "editing", "of", "the", "murine", "Lamp3", "allele", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O" ]

[ "The", "Protospacer", "Adjacent", "Motif", "(", "PAM", ")", "is", "underlined", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Schematic", "drawing", "of", "CRISPR/Cas9-mediated", "targeting", "of", "exon", "2", "of", "the", "Lamp3", "locus", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O" ]

[ "Sanger", "sequencing", "chromatogram", "of", "a", "PCR-product", "covering", "the", "targeted", "segment", "with", "genomic", "tail-DNA", "of", "one", "wild", "type", "and", "one", "homozygous", "Lamp3", "mouse", "as", "a", "template", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CRISPR", "target", "site", "one", "is", "underlined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "frameshift", "resulting", "from", "endogenous", "repair", "mechanisms", "results", "in", "an", "early", "stop", "codon", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Agarose", "gel", "with", "PCR-products", "of", "a", "PCR", "covering", "parts", "of", "exon", "2", "of", "the", "Lamp3", "locus", "used", "for", "genotyping", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O" ]

[ "Representative", "agarose", "gel", "with", "the", "PCR", "products", "of", "reverse", "transcriptase", "reactions", "with", "total", "lung", "RNA", "as", "a", "template", "and", "primers", "specific", "for", "Lamp3", "from", "two", "wildtype", "and", "two", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]

[ "Quantitative", "real-time", "PCR", "of", "total", "RNA", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "LAMP3", "." ]

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Protein", "O" ]

[ "The", "expression", "is", "was", "normalized", "to", "the", "housekeeping", "gene", "RPL32", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O" ]